南京林業(yè)大學(xué)化學(xué)工程學(xué)院的前身可以追溯到1929年，由我國杰出的林學(xué)家、教育家、社會(huì)活動(dòng)家、新中國首任林墾部長梁希先生在浙江大學(xué)籌建并在原中央大學(xué)(我校前身之一)創(chuàng)辦的森林化學(xué)室。1952年全國高校院系調(diào)整時(shí)．由南京大學(xué)(原中央大學(xué))和金陵大學(xué)兩所高校的森林系合并組建成南京林學(xué)院(現(xiàn)南京林業(yè)大學(xué))。并以森林化學(xué)室為基礎(chǔ)設(shè)置了林產(chǎn)化學(xué)加工專業(yè)。1955年華中農(nóng)學(xué)院林學(xué)系（武漢大學(xué)、南昌大學(xué)和湖北農(nóng)學(xué)院森林系合并組成）并入南京林學(xué)院，林產(chǎn)化學(xué)加工專業(yè)師資隊(duì)伍得到了加強(qiáng)。于1956年國內(nèi)第一個(gè)正式招收林產(chǎn)化工專業(yè)本科生；1957年開始招收研究生。1959年5月成立林產(chǎn)化工系。1964年增設(shè)木材制漿專業(yè)方向，1982年增設(shè)制漿造紙專業(yè)，1981年林產(chǎn)化學(xué)加工工程成為我國首批博士點(diǎn)。1986年增設(shè)了木材保護(hù)與改性和香料兩個(gè)專科專業(yè)。1989年林產(chǎn)化學(xué)加工工程學(xué)科被評(píng)為國家級(jí)重點(diǎn)學(xué)科，2002年再次被評(píng)為國家級(jí)重點(diǎn)學(xué)科。1993年設(shè)精細(xì)化工本科專業(yè)，同年12月林產(chǎn)化工系更名為化學(xué)工程學(xué)院。1994年成立林業(yè)部林產(chǎn)化工、制漿造紙技術(shù)咨詢培訓(xùn)中心；1995年建立林業(yè)部林產(chǎn)化學(xué)加工重點(diǎn)開放性實(shí)驗(yàn)室。1996年設(shè)立制漿造紙工程碩士點(diǎn)。1998年林業(yè)工程一級(jí)學(xué)科(含林產(chǎn)化工二級(jí)學(xué)科)成立博士后流動(dòng)站。同年增設(shè)生物工程本科專業(yè)。  2000年設(shè)生物化學(xué)加工工程碩士點(diǎn)，2002年增設(shè)化學(xué)工藝碩士點(diǎn),  2003年新增設(shè)植物纖維化學(xué)與工程、生物質(zhì)能源科學(xué)與技術(shù)兩個(gè)博士點(diǎn)和碩士點(diǎn)。2001年增設(shè)環(huán)境工程和印刷工程兩個(gè)專業(yè)以及生物資源化學(xué)與工程和化工過程與控制2個(gè)專業(yè)方向。2002年增設(shè)高分子材料與工程(生物高分子材料方向)專業(yè)。2004年新增制漿造紙博士點(diǎn)以及化學(xué)工藝和環(huán)境工程兩個(gè)碩士點(diǎn)。2008年下半年，學(xué)校進(jìn)行院系調(diào)整，將本院輕化工程和印刷工程兩個(gè)專業(yè)組建成立輕工科學(xué)與工程學(xué)院。2011年新增化學(xué)工程與技術(shù)一級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)，2010年林產(chǎn)化學(xué)加工工程、環(huán)境工程列入江蘇省優(yōu)勢(shì)學(xué)科。2014年，學(xué)院環(huán)境工程專業(yè)組建成立生物與環(huán)境學(xué)院。經(jīng)過幾代人的不懈努力和半個(gè)世紀(jì)的歷史積淀，化學(xué)工程學(xué)院已發(fā)展成為以植物資源化學(xué)利用為特色，以林產(chǎn)化工、生物工程等專業(yè)為優(yōu)勢(shì)，以化工類專業(yè)為主的多學(xué)科協(xié)調(diào)發(fā)展的學(xué)院。林產(chǎn)化學(xué)加工工程所支撐的我校林業(yè)工程一級(jí)學(xué)科于2017年入選國家“雙一流”學(xué)科建設(shè)行列，學(xué)院成為支撐我校一流學(xué)科建設(shè)的核心學(xué)院。  

    學(xué)院現(xiàn)擁有“林產(chǎn)化學(xué)加工工程”國家級(jí)重點(diǎn)學(xué)科，國家林業(yè)局林產(chǎn)化學(xué)加工重點(diǎn)開放性實(shí)驗(yàn)室以及江蘇省生物質(zhì)綠色燃料與化學(xué)品重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，擁有林業(yè)工程（含林產(chǎn)化學(xué)加工工程二級(jí)學(xué)科）博士后流動(dòng)站，林產(chǎn)化學(xué)加工工程、生物質(zhì)能源科學(xué)與技術(shù)2個(gè)博士點(diǎn)，以及化學(xué)工程與技術(shù)一級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)，林產(chǎn)化學(xué)加工工程、生物化工、化學(xué)工藝、化學(xué)工程、材料加工工程、生物質(zhì)能源科學(xué)與技術(shù)、應(yīng)用化學(xué)等二級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)以及材料與化工、生物與醫(yī)藥專業(yè)碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)。
    學(xué)院下設(shè)林產(chǎn)化學(xué)工程系、生物工程系、精細(xì)化工系、化學(xué)工程系、制藥工程系和應(yīng)用化學(xué)系，同時(shí)設(shè)森林植物化學(xué)工程、生物化工、木材保護(hù)三個(gè)研究所。設(shè)有林產(chǎn)化工、化學(xué)工程與工藝（含化學(xué)工程與工藝、精細(xì)化工、生物資源化學(xué)與工程等3個(gè)方向）、生物工程、生物制藥等4個(gè)本科專業(yè)，其中林產(chǎn)化工專業(yè)現(xiàn)為國家和江蘇省的特色專業(yè)、江蘇省品牌專業(yè)，全國本科專業(yè)綜合改革試點(diǎn)專業(yè)。

學(xué)院現(xiàn)有在職教職工101人，其中教授35人、副教授27人，博士生導(dǎo)師29人，碩士生導(dǎo)師26人。擁有江蘇省“333工程”第二層次、江蘇省特聘教授等國家和省部級(jí)人才10余人。目前在校博士研究生60余人、碩士研究生270余人、本科生1200余人。近5年來，學(xué)院先后承擔(dān)了國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、國家973和863計(jì)劃、國家科技支撐計(jì)劃、國家自然科學(xué)基金等重要科研項(xiàng)目（課題）150余項(xiàng)；先后榮獲國家科技進(jìn)步獎(jiǎng)一等獎(jiǎng)/二等獎(jiǎng)、國家技術(shù)發(fā)明獎(jiǎng)二等獎(jiǎng)等國家級(jí)科技獎(jiǎng)項(xiàng)7項(xiàng)，年發(fā)表SCI論文200余篇，年授權(quán)發(fā)明專利50余件。